目前在一些实施自配饲料的地区，各种质料多由预混料经销商顺便采购，这些经销商对质料方面的知识较为缺少，一起也不具备一些必要检测设备，因而对质料的质量操控往往做得欠好。而大多数生产全价饲料的厂家，均有单独的化验室，不仅对质料可以进行很好的把关，而且对出厂的产品也能进行较好的操控，在必定程度上确保了饲料的质量和稳定性。
配方方面
饲料配方的规划是一项对技能要求较高的工作，决不是马马虎虎把几种质料混一混就完事了的，因而这就要求提供预混料的厂家有专业的配方师，可以依据饲养户的不同需求规划出合理的配方。但是因为养鱼自配料这一饲养方式起步比较晚，我国又比较缺少水产饲料配方这方面的技能人员，很多生产预混料的厂家没有专业的配方师，只能摸着石头过河。别的，有些饲养户因为对技能人员不太信任，经常私行调整配方，随意加大一些定量运用质料的用量。全价饲料厂则不仅有专门的配方师，而且在配方的管理上也把关比较严，不存在随意的调整，然后确保了配方的科学性、合理性和严肃性。
加工方面
自配饲料具有一个与生俱来的不足就是设备比较简单，不具备饲料厂那样优胜的生产条件，因而在饲料的加工方面存在一些不足。首要，进行自配饲料的饲养户很少配备有粉碎机和搅拌机，质料的细度和混合均匀度都不如饲料厂;其次，自配饲料所采用都是一些小型的制粒机，没有蒸汽调质体系，生产出来的饲料没有经过调质、熟化等工艺，质料中一些微生物没有灭活，投喂后可能影响饲养鱼类的健康。